De oudste schriftelijke vermelding van 'Sainct Philippine' dateert van januari 1506.

In januari 1506 verwerft Hiëronymus Lauwerijn, heer van Watervliet, van hertog Filips de Schone het octrooi om een nieuwe polder in te dijken.2 Hij noemt die polder 'Sainct Philippine' naar de hertog. Daarbij krijgt hij ook toestemming tot het stichten van een zogenaamde 'gesloten (ommuurde) stad' die eveneens de naam Philippine krijgt. Graaf Filips verleent daarbij tevens privileges, rechten en vrijheden voor de nieuw te bouwen stad.

De stad wordt beschouwd als een leen van Watervliet en heeft rechtspraak in alle civiele en criminele zaken. Vermoedelijk dienen schepenen in moeilijke zaken te
hoofde gaan bij de magistraat van het Vrije van Brugge. De (stichtings-)akte vermeldt verder o.a. vrijdom van tolheffing in het graafschap Vlaanderen, een vrije jaarmarkt en een weekmarkt.

Op 6 maart 1506 [1505] wordt het octrooi goedgekeurd door de Rekenkamer in Rijssel. In 1583 bouwt de hertog van Parma in Philippine een versterking die Noord-Vlaanderen moet beschermen tegen de watergeuzen. In 1633, tijdens de Tachtigjarige Oorlog, valt Philippine in handen van de Noordelijke Nederlanden en gaat dienst doen als uitvalsbasis voor diverse operaties tegen de Spaanse overheersers in Vlaanderen. De vesting wordt uitgebouwd met een kasteel, vier bastions, twee ravelijnen en een water- of havenpoort. De havenpoort komt uit op de Braakman die in open verbinding staat met de Schelde.

Vanaf 1635 krijgt de smalstad Philippine behalve als vestingstad ook betekenis als handelsstad.